10 июня 2005 года в Патриарших Палатах Московского Кремля под председательством Святейшего Патриарха Московского и всея Руси АЛЕКСИЯ II состоялось заседание Священного Синода Русской Православной Церкви. Особо обсуждались вопросы повышения уровня пастырской подготовки священнослужителей дальневосточных епархий и развития миссионерской деятельности в регионе. По итогам обсуждения Священный Синод принял решение о создании духовной семинарии в городе Хабаровске. Ректором семинарии был назначен архиепископ Хабаровский и Приамурский Марк. 1 сентября 2005 года в новообразованной и единственной на тот период времени высшей духовной школе на Дальнем Востоке начались учебные занятия.
В истории учреждения Хабаровской духовной семинарии есть одна исключительная особенность. Это первый случай в новейшей истории российского духовного образования, когда семинария учреждается по непосредственному предложению Предстоятеля Церкви. Определяя Хабаровск как центр развития духовного образования и богословской науки в регионе, Его Святейшество, безусловно, принимал во внимание готовность правящего архиерея и губернатора края к реализации данного проекта. Общеизвестно, что Хабаровский край является примером успешного сотрудничества между Церковью и светской властью. Это, равно как и высокий статус Хабаровска – столицы Дальневосточного федерального округа – явилось решающим фактором в выборе площадки для открытия дальневосточной семинарии.
Публикации: К пятнадцатилетию Хабаровской духовной семинарии