9 июля 2012 г. под председательством ректора академии архиепископа Верейского Евгения состоялось итоговое заседание Ученого совета МДА, подведшего итоги уходящего 2011-2012 учебного года и одобрившего ряд важных учебных инициатив на ближайшее будущее. Члены Ученого совета скорректировали учебный план бакалавриата, а также внесли несколько важных изменений и дополнений в профили магистратуры академии. После продолжительной подготовки на заседаниях Научно-методического совета кафедра Филологии стала выпускающей: на кафедре теперь появится отделение Христианской литературы. В перспективе данное отделение будет готовить специалистов в области греческой и латинской письменности, специалистов по русской литературе (включая славянскую), а также по христианской литературе на восточных языках (сирийском, армянском, коптском и пр.). В грядущем 2012-2013 учебном году Ученым Советом решено открыть профиль Греческая христианская письменность – в том случае, если найдется достаточно число студентов, желающих изучать византийскую богословскую письменность вместе с рядом ключевых филологических дисциплин –языкознанием, греческой палеографией, текстологией и пр. Таким образом, данный профиль окажется одним из 7 профилей, на которые теперь иметь возможность поступать абитуриенты-выпускники духовных семинарий наряду с Богословским, Библейским, Церковно-историческим, Пастырско-каноническим и Литургическим. Кроме вышеуказанных, в Московской духовной академии будет открыто также отделение Истории церковного искусства.
Администрацией академии были также определены вступительные экзамены на отделение христианской литературы: древнегреческий язык и византология.
Еще одним важным решением стало открытие подготовительного отделения при магистратуре, основной целью которого станет углубленное изучение древних языков (греческого и древнееврейского для библеистов, греческого и латинского для остальных отделений). Таким образом, выпускники духовных учебных заведений, в достаточной мере не овладевшие языками и некоторыми базовыми знаниями, смогут значительно повысить свой языковой и филологический уровень.
Предполагается, что в начале сентября 2012 г. будет объявлен дополнительный набор в магистратуру.