16 апреля 2016 года Синод Русской Православной Церкви постановил преобразовать Омское епархиальное духовное училище в Омскую духовную семинарию (Журнал № 20). Ректором семинарии назначен митрополит Омский и Таврический Владимир.
Решение о преобразовании училища принято по результатам инспекционной проверки комиссией Учебного комитета 10-11 марта 2016 года.