МАБН является самоуправляемой научной организацией, которая самостоятельно определяет основные направления научных исследований в области богословских (духовных), философских, гуманитарных, естественных, прикладных и других наук в контексте развития богословской (духовной) науки и образования, решает научно-организационные, хозяйственные, кадровые вопросы, осуществляет внутригосударственные и международные научные и образовательные связи
В состав Академии входят действительные члены (академики), члены-корреспонденты и могут входить ассоциированные члены в лице юридических лиц, сотрудничество с которыми определяется договорами о научно-исследовательском сотрудничестве.
Согласие на международную богословско-научной деятельность в рамках МАБН на сегодня дали представители научных богословских кругов Украины, России, Белоруссии, Латвии, Чехии, Словакии, Греции, Грузии, Венгрии, а также специалисты в других областях наук православного мира.
Академия открыта до научного сотрудничества с религиозными организациями и церквями, государственными и муниципальными органами власти, научными и образовательными учреждениями как в Украине, так и за ее пределами.
Создание МАБН как научного учреждения является первой попыткой академического объединения ученых-богословов и представителей других отраслей наук в практике Православных Церквей.
Во время первого заседания пленума Академии почетным академиком и почетным президентом МАБН был избран Блаженнейший Митрополит Киевский и всея Украины Владимир. В ходе организационного заседания общего собрания учредителей и пленума утвержден первый состав членов Академии, образованы и избраны ее руководящие органы. В частности, президентом Академии избран архимандрита Виктора (Бедь), доктор богословских наук, доктор юридических наук, профессор; вице-президентами - епископ Макаровский Иларий (Шишковский), доктор богословия, доцент; архимандрит Гавриила (Крызины), доктор богословских наук, профессор; Сагач Галина Михайловна, доктора педагогических наук, профессора; Стрельбицкий Николай Павлович, доктор юридических наук, профессор.
С составом президиума и первым составом МАБН можно ознакомиться на сайте Ужгородской украинской богословской академии (uuba.org.ua).