Высшим органом управления Фонда является Совет во главе с ректором университета протоиереем Владимиром Воробьевым. Деятельность Фонда регламентируется Федеральным законом "О порядке формирования и использования целевого капитала некоммерческих организаций" и предусматривает возможность формирования целевого капитала ("эндаумента").
Таким образом Фонд развития Свято-Тихоновского Университета предоставит возможности благотворителям не только оказывать помощь в текущей деятельности, но и сформировать основу для постоянной поддержки Университета.