C 06 по 10 сентября 2013 года в Тобольской духовной семинарии проходила плановая выездная проверка Федеральной службы по надзору в сфере образования и науки по вопросам соблюдения образовательным учреждением лицензионных требований и условий при осуществлении образовательной деятельности.
Тобольская духовная семинария успешно прошла контрольную проверку Рособрнадзора РФ
Комиссия в составе двух человек проверила документы и материалы, характеризующие деятельность лицензиата, средства обеспечения образовательного процесса. Также был проведен анализ использования в образовательном процессе объектов, необходимых для осуществления образовательной деятельности, учебно-методической документации, учебной, учебно-методической литературы и иных библиотечно-информационных ресурсов и средств обеспечения образовательного процесса.
В ходе проверки не было выявлено значительных нарушений. Было признано, что семинария выполняет все необходимые требования к Высшему учебному заведению и соответствует имеющейся лицензии.