Его Святейшеству сослужили: митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский Владимир; митрополит Оренбургский и Бузулукский Валентин; архиепископ Берлинский и Германский Феофан; епископ Гатчинский Амвросий, ректор Санкт-Петербургских духовных школ; епископ Петергофский Маркелл; Солнечногорский Сергий, руководитель Административного секретариата Московской Патриархии; Выборгский Назарий, наместник Свято-Троицкой Александро-Невской лавры; схиархимандрит Илий (Ноздрин); протоиерей Василий Стойков, первый проректор, заслуженный профессор СПбДА; протоиерей Владимир Сорокин, настоятель Князь-Владимирского собора Петербурга; протоиерей Богдан Сойко, настоятель Николо-Богоявленского Морского собора Петербурга; архимандрит Ианнуарий (Ивлиев), профессор СПбДА; преподаватели Санкт-Петербургских духовных академии и семинарии в священном сане; духовенство Петербурга.
На богослужении присутствовали: заместитель руководителя Администрации Президента РФ А.Д. Беглов; министр транспорта РФ И.Е. Левитин; губернатор Санкт-Петербурга В.И. Матвиенко; вице-губернатор Санкт-Петербурга И.М. Метельский; президент Фонда «Кронштадтский Морской собор во имя святителя Николая Чудотворца» Л.Э. Слуцкий; Генеральный консул Японии в Санкт-Петербурге Ичиро Кавабато; председатель Синодального информационного отдела В.Р. Легойда; члены Общественно-попечительского совета кронштадтского Морского собора.
За Литургией пели три хора Санкт-Петербургских духовных академии и семинарии ― мужской под управлением монаха Матфея (Шарова), женский под управлением монахини Ксении (Каньшиной) и смешанный под управлением Ирины Хмелевской.
Обращаясь к Святейшему Владыке по окончании богослужения, епископ Гатчинский Амвросий отметил, что обновление Иоанно-Богословского храма произошло в год 65-летия возрождения Санкт-Петербургских духовных школ, 170-летия храма духовной академии и 290-летия со дня основания духовных школ в северной столице. В дар Его Святейшеству владыка Амвросий преподнес список главной святыни академического храма ― иконы Божией Матери «Знамение» Царскосельская.
Приветствуя Святейшего Патриарха от имени всех жителей Петербурга, В.И. Матвиенко сообщила о передаче духовным школам бывшего квартирного флигеля академии на набережной Обводного канала, в котором до недавнего времени находилось общежитие. Официальные документы о передаче здания губернатор Санкт-Петербурга передала епископу Амвросию.
Затем к собравшимся обратился с Первосвятительским словом Святейший Патриарх Кирилл.
Во внимание к помощи Русской Православной Церкви и в связи с 55-летем со дня рождения заместитель руководителя Администрации Президента РФ А.Д. Беглов был награжден орденом святого благоверного князя Даниила Московского I степени. Святейший Владыка также выразил признательность В.И. Матвиенко за содействие в вопросе возвращения академического флигеля.
В дар храму Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл передал икону Воскресения Христова палехского письма. Святейший Патриарх поздравил схиархимандрита Илию (Ноздрина) с 45-летием иерейской хиротонии и вручил памятный крест. Верующим были розданы иконки святого апостола Иоанна Богослова с Патриаршим благословением.