В преддверии 2011/12 учебного года Православный институт святого Иоанна Богослова объявил о наборе в аспирантуру. Соответствующую лицензию на реализацию магистерских и аспирантских программ по целому ряду направлений подготовки выдала вузу Федеральная служба по надзору в сфере образования и науки.
С нового учебного года наряду с программами бакалавриата Институт начнет подготовку магистров по пяти направлениям - религиоведению, юриспруденции, экономике, филологии и истории. В число программ аспирантуры (послевузовского профессионального образования) входят: «Отечественная история», «Экономика и управление народным хозяйством», «Философия религии и религиоведение» и «Русская литература».
Председатель Синодального отдела религиозного образования и катехизации епископ Зарайский Меркурий в связи с открытием в Православном институте св.Иоанна Богослова аспирантуры отмечает, что «за год работы коллектив вуза смог построить необходимую платформу для развития и дальнейшего совершенствования своей деятельности в рамках Болонского процесса».
«Иоанно-Богословский институт продемонстрировал способность решать серьезные задачи в непростых условиях. Это внушает уверенность в успешной перспективе этого церковного образовательного проекта», - считает епископ Меркурий.
Ректор Российского православного университета и Православного института святого Иоанна Богослова игумен Петр (Еремеев) констатирует, что очередной этап реорганизации учебного процесса и научной работы в вузе на сегодняшний день можно считать завершенным.