Библиотека Московской духовной академии за более чем три века своего существования переживала вместе с Академией разные времена — расцвет в середине XIX-го–начале XX-го. вв., период послереволюционных потрясений и утрат, затем этап восстановления. Сейчас в библиотеке старейшего высшего учебного заведения России, заведующим которой является игумен Дионисий (Шлёнов), происходят важные преобразования, цель которых — подтвердить ведущее место в библиотечном пространстве России.
Библиотека Московской духовной академии берет свое начало с основания самой Академии братьями иеромонахами Лихудами. Софроний и Иоанникий привезли в Москву собственную библиотеку, состоявшую в основном из греческих и латинских книг, а также лекций, записанных во время обучения в Греции и Италии. Важную роль сыграла и библиотека Типографской школы, собранная ее основателем иеромонахом Тимофеем (Типографская школа была интегрирована в Академию в конце XVII в.). Сейчас книжный фонд библиотеки содержит около 350 тыс. книг — не только традиционная историческая библиотека МДА, но и фонды самых разных дореволюционных и послевоенных библиотек, собрания, переданные зарубежными дарителями, и личные собрания, в том числе собрания рукописных и старопечатных книг. К самым древним рукописям библиотеки относятся Апостол и Евангелие апракос, Псалтырь с восследованием (конец XV в.), к более поздним — Толкование на Псалтырь свт. Афанасия Александрийского (вторая треть XVII в.). Из русских старопечатных книг представлены Апостол, напечатанный диаконом Иваном Федоровым и Петром Мстиславцем (1564 г.), несколько острожских книг (конец XVI в.), Славяно-русский лексикон (1620 г.). Особое собрание составляют рукописные певческие книги (самые старые из них датируются XVI в.).Игумен Дионисий (Шлёнов). Сокровища книжной мудрости. Библиотека МДА — настоящее и будущее
На многих книгах стоят автографы великих церковных или культурных деятелей, в частности, свт. Филарета (Дроздова), С. М. Соловьева, таких преподавателей МДА как священник Павел Флоренский, И. Корсунский, архимандрит Иларион (Троицкий), Святейшие Патриархи Алексий (Симанский) и Алексий (Ридигер).
В библиотеке МДА хранится немало редких книг — это и исключительно древние книги раритетного значения, и книги с автографами авторов или преподавателей, подаривших их библиотеке. В отличие от библиотек, где таких книг значительно меньше, здесь даже книги XVI–XVII вв. можно получить и посмотреть.
В фонде библиотеки книги более чем на ста иностранных языках; самые распространенные из них — английский, немецкий и французский; но также много книг на греческом, польском, болгарском и румынском. Коллектив библиотеки насчитывает 30 человек, многие из них за годы работы достигли высокой степени мастерства, профессионально ориентируясь в сложных фондах с научно-богословской и церковно-исторической литературой. Библиотека ежедневно обслуживает несколько десятков читателей.
Библиотека постоянно пополняется новыми изданиями. За последние годы, путешествуя по Западной Европе, сотрудникам удалось собрать около 30 тыс. книг на иностранных языках. Но поскольку всю нужную литературу в одной библиотеке собрать практически невозможно, еще одним направлением наряду с развитием книжного фонда станет подписка на иностранные и русские базы данных.
Сейчас идет реорганизация библиотеки, целью которой является создание научной богословской библиотеки, которая обладала бы определенной полнотой богословского знания, как в русском, так и в иностранном фонде, и могла бы обеспечивать читателей, как по общим направлениям их изысканий, так и по более частным вопросам.
Одна из самых больших стратегических задач библиотеки на сегодня — это строительство нового здания, в котором могли бы разместиться и отечественные, и иностранные книги. Уже сейчас здание библиотеке МДА находится на пределе, и любые ремонт и реконструкция не смогут принципиально изменить его вместимость. Без нового здания книги, которые никто никогда не сможет раскрыть и прочитать, могут считаться мертвыми.
Читателями академической библиотеки являются преимущественно преподаватели и студенты МДАиС, а также Регентской, Иконописной школ, сотрудники Академии. Однако сегодня и Академия, и Семинария становятся все более открытыми, обладают многочисленными связями с другими учебными заведениями, поэтому библиотека готова обслуживать не только тех, кто учится, преподает и работает в стенах Академии и Троице-Сергиевой Лавры. Так же сейчас ведется создание электронной библиотеки, и после оцифровки книжные фонды станут доступны еще более широкому кругу читателей.