15 июля 2016 года Священный Синод Русской Православной Церкви постановил обязать Преосвященного епископа Костромского и Галичского Ферапонта и руководство Костромской духовной семинарии осуществить до 1 июня 2017 года необходимые преобразования в деятельности семинарии (Журнал № 62).
После 1 июля 2017 года Синод постановил вернуться к вопросу о дальнейшем функционировании Костромской духовной семинарии.