С 30 сентября 2019 года по благословению митрополита Новосибирского и Бердского Никодима и согласно определению Учебного комитета Русской Православной Церкви в семинарии проходят курсы повышения квалификации для священнослужителей Новосибирской митрополии.
По благословению правящих архиереев для участия в курсах направлены священнослужители Новосибирской и Бердской, Искитимской и Черепановской, Карасукской и Ордынской, Каинской и Барабинской епархий Новосибирской митрополии. Для священников будут прочитаны лекции и проведены практические занятия по предметам: литургика, сектоведение, история Русской Православной Церкви, современные документы Русской Православной Церкви и др. Среди преподавателей курсов - доктор богословия, председатель отдела образования и просвещения Новосибирской митрополии протоиерей Борис Пивоваров, руководитель миссионерского отдела Новосибирской епархии протоиерей Александр Новопашин, кандидат философских наук иеромонах Платон (Флах).